磁珠纯化核酸的原理一般是固相可逆固定技术，在一定条件下核酸被选择性地固定在磁珠上，而污染物则留在溶液中，外加磁场后将吸附了目标分子的磁珠与溶液分离，然后清洗磁珠进一步去除污染物，之后在一定条件下将核酸从磁珠上洗脱下来，不同官能团修饰的磁珠，结合与洗脱方式不同。其中外表面修饰有羧基官能团的磁珠，在包含有PEG、高盐离子等纯化缓冲体系中，通过形成DNA-盐离子-羧基的离子桥而吸附DNA，这种结合是可逆的，在无PEG和盐离子的TE Buffer中离子桥被解除，最终达到纯化DNA的目的。