2条链均未甲基化的DNA被甲基化，称为从头甲基化。从头甲基化是指对非甲基化的DNA进行甲基化修饰，主要发生在胚胎发育的早期，用于胚胎早期细胞设定甲基化状态。另一种是双链DNA的其一条链已存在甲基化，另一条未甲基化的链被甲基化，这种类型称为保留甲基化